Djelovanje Hrvatskog zavoda za javno zdravstvo određeno je s više zakona i dokumenata od kojih je najvažniji Zakon o zdravstvenoj zaštiti i Statut Hrvatskog zavoda za javno zdravstvo kojeg potvrđuje Hrvatski Sabor.
U sklopu zavoda djeluju sljedeće službe:
-Služba za epidemiologiju zaraznih bolesti
-Služba za epidemiologiju kroničnih masovnih bolesti
-Služba za zdravstvenu ekologiju
-Služba za socijalnu medicinu
-Služba za školsku medicinu i Služba za prevenciju ovisnosti
-Služba za mikrobiologiju