Odjeljenja ANUBIH su nosioci osnovne naučne odnosno umjetničke djelatnosti. Odjeljenja osnivaju odbore i komisije, čiji je zadatak da organizuju realizaciju Akademijinih naučnih projekata i programa i da neposredno učestvuju u realizaciji programa nekih međuakademskih odbora.
Odjeljenje društvenih nauka
Odjeljenje humanističkih nauka
Odjeljenje medicinskih nauka
Odjeljenje prirodnih i matematičkih nauka
Odjeljenje tehničkih nauka
Odjeljenje za umjetnost